國內線航班午後陸續恢復後，交通部民用航空局協調航空公司加開班機或放大機型，共計25架次，其中澎湖航線17架次、金門航線8架次，提供2,251個座位。

民航局統計，截至當日18時，國內線仍有159架次取消、20架次延誤。 因航班已中斷兩天，金門、澎湖仍有旅客無法順利取得機位；民航局提醒旅客先確認機位再前往機場，避免久候。