美國政府問責局11月9日公布報告指出，美國國防部在清點價值約310億美元F-35零件方面進展甚微。 截至2026年3月，F-35計畫持有約2600萬件零件，分散於全球700多處承包商與政府管理設施，服務美軍、7個夥伴國家與12個對外軍售客戶；國防部官員表示，總價值可能被低估。

問題出在紀錄不全：F-35聯合計畫辦公室以企業後勤管理系統追蹤庫存，但該系統未與主承包商的財產管理系統直接介接，承包商每季才提交一次共用備件庫資料；2025年12月提交的資料中，僅29%附有零件序號。 截至2026年3月，約1萬7000件正在維修或修理的零件、價值約13億美元未登錄於系統，國防部官員表示，計入缺失成本後價值可能達25億美元；最近一次實體盤點也未能完整核實零件是否存在或紀錄是否完整，且引用了一家財產管理系統遭國防合約管理局評為「disapproved」的主承包商資料。

五角大廈正推動新的稽核工作，目標2027年3月完成首次完整盤點。 國防部已接受政府問責局提出的4項新建議，但政府問責局與國防部監察長先前提出的34項建議中，仍有26項未結案；審計人員自2019財政年度起即報告與F-35相關的重大缺失，國防部在截至2025財政年度的每次完整審計中均獲「無法表示意見」。 此外，聯合計畫辦公室推動的全球支援方案重置計畫，目標將任務妥善率自2025財政年度的44%提升至2030年的80%，政府問責局2026年6月估計，至2031財政年度需額外137億美元美國經費，其中73億美元用於備件與修理材料。