2012年，空中巴士在A380的機翼肋腳發現裂紋。肋腳是機翼內部連接翼肋與蒙皮的結構件，當時全球約有80架A380在服役，其中約40架發現裂紋，相當於近半數機隊；據BBC當時報導，法國航空、阿聯酋航空與新加坡航空的飛機也在名單之中。調查認定，肋腳使用的鋁合金與其支架使用的碳纖維複合材料並用，加上製造過程引入的應力，使裂紋隨時間形成。歐洲航空安全局（EASA）隨後發布適航指令要求全機隊檢查，並警告此問題若未發現與改正，可能影響飛機的結構完整性。
複合材料支架原本是減重設計的一環，每側機翼可省下約660磅（299公斤）。空中巴士在2012年稍晚推出重新設計的肋腳組件，把複合材料支架換回其他機型早已驗證的傳統鋁合金件。機隊並未因此停飛：空中巴士與EASA合作，讓A380在適航指令的檢查規範下繼續營運，同時開發、認證並導入永久修正。改裝計畫於2012年底展開，涵蓋約120架飛機，據報導耗資約3.3億美元；2014年起出廠的A380直接以新結構為生產標準。
其後發現的裂紋與2012年並非同一問題。2019年，早期出廠的A380在外側後翼樑附近發現細小裂紋，共25架需要檢查，EASA當時形容為「relatively minor cracking」，檢查多可在定期重維修時完成，對營運影響有限。2024年，EASA把檢查擴大到全數A380與更多翼樑區域，並把飛機停放與封存的時間納入檢查時機的判斷，因為資料顯示地面停放時間與裂紋嚴重程度有關。
最新一波是2026年的緊急適航指令2026-0119-E，針對16架A380的機翼中翼樑要求緊急檢查，其中15架屬阿聯酋航空、1架為澳洲航空的VH-OQI；阿聯酋航空其中5架須在下一次飛行前完成檢查，其餘給予25個飛行循環的期限。澳航該架飛機當時已在德國德勒斯登進行重維修，澳航向《衛報》表示對航班時刻表沒有影響。儘管檢查指令多年來從未間斷，A380至今仍有100多架在役，據Cirium統計，航空公司在2026年為A380排了超過8.3萬個航班。
